No sistema de águas residuais do Município de Peniche existem, na zona rural, as ETAR’s (Estações de Tratamento de Águas Residuais) da Serra d’ El Rei, de Atouguia da Baleia, de Reinaldes (a desactivar brevemente), da Bufarda e do Paço que, futuramente, entrará em funcionamento.

A zona rural encontra-se concessionada ao sistema multimunicipal Águas do Oeste e a zona urbana, onde se encontra a ETAR de Peniche, é gerida directamente pelos Serviços Municipalizados.