No interior pontifica um único altar em talha onde se recolhem as imagens da santa protectora, de São Francisco de Assis e São João Baptista.

Alvo de várias obras de manutenção ao longo dos tempos, terá servido de arrecadação militar em diferentes momentos.

A partir do palácio vizinho, o governador da Praça tinha acesso directo ao Coro da Capela podendo assistir à missa numa galeria privativa atrás do mais alto dos dois balcões de madeira existentes.