Com uma paisagem fortemente marcada por uma vegetação rasteira, composta por plantas de porte herbáceo e arbustivo, existindo apenas uma árvore, uma figueira (Ficus carica), na praia do Carreiro do Mosteiro.

A ilha contempla cerca de 100 espécies de plantas que florescem entre os meses de Fevereiro e Maio, sendo algumas destas espécies únicas no planeta. Destes endemismos fazem parte a Armeria berlengensis, Herniaria berlengiana e a Pulicaria microcephala que, devido à antiguidade do isolamento da ilha e às particularidades do substrato rochoso, adquiriram características que as tornam diferentes das suas congéneres continentais.

De distribuição muito restrita temos a Angelica pachycarpa que existe apenas no litoral galego e nas escarpas da Berlenga; o Echium rosulatum e a Scrophularia sublyrata, únicas do litoral atlântico ibérico.

Nos últimos anos tem-se assistido a um decréscimo da flora existente, justificada pelo excessivo número de gaivotas existentes na ilha cujos dejetos nitrificam o solo, condicionando o desenvolvimento de várias espécies, que por sua vez favorecem o desenvolvimento das plantas guanófilas (que "gostam" de excrementos de aves), como é o caso do malmequer-amarelo (Calendula suffruticosa algarbiensis), da urtiga (Urtica dubia) e da papoila (Papaver somniferum).

A presença de coelhos e de ratos, sem predadores na ilha, provoca uma forte pressão herbívora sobre determinadas espécies vegetais, sobretudo nas espécies que conseguem sobreviver ao período de aridez, como por exemplo a Lavatera arbórea. Esta espécie que na ilha dificilmente se observa é abundante apenas no ilhéu de Inês, onde não se verifica a presença deste tipo de mamíferos.