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Os sistemas de águas residuais compreendem três componentes: recolha, drenagem e tratamento.
No sistema de águas residuais do Município de Peniche existem, na zona rural, as ETAR’s (Estações de Tratamento de Águas Residuais) da Serra d’ El Rei, de Atouguia da Baleia, de Reinaldes (a desativar brevemente), da Bufarda e do Paço que, futuramente, entrará em funcionamento.
A zona rural encontra-se concessionada ao sistema multimunicipal Águas do Oeste e a zona urbana, onde se encontra a ETAR de Peniche, é gerida diretamente pelos Serviços Municipalizados.