A Igreja de S. José teve como primeiro orago Nossa Senhora da Graça. A alteração de padroeiro dá-se no início do séc. XIX. A primitiva capela dedicada a Nossa Senhora da Graça terá sido construída no século XV, sendo contemporânea do Convento de S. Bernardino. Os seus fundadores também criaram, na Vila de Atouguia da Baleia, a Ordem Terceira de S. Francisco. O templo foi renovado - ou feito um novo no local - em 1747, apresentando uma planta octogonal com arquitetura de influências barrocas.

Até recentemente, a igreja abria aos crentes, para a celebração da Missa em honra de S. José, no dia 19 de março. Em 2004 iniciam-se as obras de requalificação – entre elas, a intervenção de conservação e restauro do retábulo-mor – e, em 2012, abre ao público, integrada no circuito de visita do Centro Interpretativo de Atouguia da Baleia.