São diversos os objetos que integram o espólio do Centro Interpretativo de Atouguia da Baleia. Com a evolução do conceito do espaço museológico, o CIAB foi recebendo espólio artístico e etnográfico de várias origens. Este encontra-se à guarda do CIAB ou integrado no seu acervo permanente, nos casos em que os objetos foram doados. O acervo deste museu tem vindo a aumentar graças às doações de entidades e populações da freguesia.
No CIAB encontram-se as seguintes coleções museológicas:
- Etnografia
- Arte Sacra
- Epigrafia
- Documental
- Fotografia
Também o Património Cultural Imaterial tem sido alvo de estudo e inventariação, nomeadamente através do levantamento audiovisual de festas e tradições atouguienses.
O CIAB possui atualmente cerca de 650 peças inventariadas, de forte pendor histórico e etnográfico. Este espólio tem sido alvo de diversos trabalhos com vista à sua recuperação, estudo e divulgação.
Encontra-se em desenvolvimento, desde janeiro de 2007, um plano de trabalho versando o espólio do CIAB, que contempla as seguintes intervenções:
- Inventariação
- Acondicionamento em reserva
- Monitorização ambiental
- Tratamento preventivo
- Conservação e restauro
Nos trabalhos de conservação inclui-se também a recuperação do Retábulo do Altar-Mor da Igreja de S. José, integrado no circuito de visita.
Encarando o CIAB enquanto espaço de interpretação e dinamização do território da freguesia, foram realizadas várias intervenções de conservação e restauro de Património arquitetónico, algumas das quais com a participação das populações locais.